Nieto de labradores e hijo de obreros, Juan Carlos Pernas Maques nació en A Coruña en 1978, ciudad en la que cursó todos sus estudios preuniversitarios (en el Hogar de Santa Margarita, en el Colegio Cid y en el Instituto Salvador de Madariaga). Licenciado en Ciencias Políticas por la Universidad de Santiago de Compostela, con la especialidad de relaciones internacionales, también estudió en el European Studies Department de la Loughborough University (Reino Unido). Obtuvo en 2003 el Premio Fin de Carrera de la Comunidad Autónoma de Galicia, en reconocimiento a la excelencia académica.  Ha trabajado en hostelería, como vendedor de seguros, en labores agrícolas, en almacenes de alimentación, en cooperación internacional en Lima (Perú), como profesor y en la actualidad es funcionario de la Xunta de Galicia. Es católico, está soltero y es seguidor del F.C. Barcelona.